بحثی در فلسفه اصول مطرح است با عنوان ساختار دانش اصول که درباره چگونگی سازمان‌دادن و تبویب مباحث و مسائل آن دانش بحث می‌کند. ازآنجاکه ساختار دانش یکی از ارکان تکون‌بخش و هویت‌بخش هر دانشی است، این بحث اهمیت به‌سزایی دارد. ساختار دانش، به تعبیر فلسفی، یکی از علل اربعه تکون و هویت‌یابی دانش است؛ یعنی علت صوری دانش به شمار می‌آید و مراد ما از ساختار در اینجا همان ساختار صوری است. فهم و شناخت، ارزیابی و تحلیل بسیاری از مباحثی که مانند ساختارپژوهی جزء مسائلی هستند که به دانش هویت می‌دهند، به میزان زیادی درگرو فهم ساختار آن دانش هستند.

باید گفت پس از شیخ نوعی امتناع معرفتی و عقیم شدن در بعضی از ابواب اصول، رخ داده است؛ مانند همان اتفاقی که پس از صدرالمتألهین در فلسفه روی داد. اگرچه بزرگانی مانند آخوند خراسانی، محقق اصفهانی و شهید صدر طی عمر پربرکتشان در حوزه علم اصول منشأ آثار بسیار مهمی شده‌اند، قله شیخ آن‌چنان بلند است که هر کوهنوردی نمی‌تواند به آن دست پیدا یابد.